Zgodnie ze Statutem, Władze Federacji to Walne Zebranie Członków, na którym każda z organizacji reprezentowana jest przez jednego przedstawiciela i ma jeden głos, Zarząd Federacji oraz Komisja Rewizyjna Federacja.
Zarząd Federacji (kadencja 2022-2026) -- wybrany na okres czterech lat przez Walne Zebranie Członków Federacji w dn. 25 sierpnia 2022 roku -- Prezes Zarządu: Jan M. Grabowski (Pomorska Fundacja Rozwoju, Kultury i Sztuki) Wiceprezes Zarządu: Elżbieta Wysocka (Stowarzyszenie Rozwoju Solca Kujawskiego) Wiceprezes Zarządu: Andrzej Maczassek (Stowarzyszenie "Jestem")
Komisja Rewizyjna (kadencja 2023-2027) -- wybrana na okres czterech lat przez Walne Zebranie Członków Federacji w dn. 16 czerwca 2023 roku -- Przewodniczący Komisji Rewizyjnej: Tomasz Dominiak (KS ZRYW Radziejów) Członek Komisji: Joanna Danicka (CISTOR - Stowarzyszenie Partnerstwo Społeczne) Członek Komisji: Marta Młynarczyk (Fundacja na Rzecz Osób Niepełnosprawnych "Arkadia" w Toruniu)